现在灌肠最常用的情况是做肠镜前无法排除肠道残留物质后，通过灌肠的方式清理，以及特殊的造影检查：比如巨结肠患儿， 医生需要把造影剂从肛门灌进结肠;特殊的治疗手段：比如治疗肠套叠，需要从肛门灌入气体或水，把套进去的肠子冲出来等。

医学上来说，没有明确的灌肠用药的方式治疗疾病，因此儿童感冒或者退烧，治疗普通便秘等，都不建议使用灌肠的方式。